A Természettudományi múzeum az egykori Hajós közben 1890 - 1893 között épített Székelyföldi Iparmúzeum épületét örökölte meg. Tervezője Kiss István építész volt (több budapesti és vidéki középület tervezője), az építkezési munkálatokat a marosvásárhelyi Soós Pál építőmester irányította.  Az Iparmúzeum székhelyéül szolgáló, a kései historizmus és eklektika jegyében fogant, az antik világ és a reneszánsz korának építészeti formáit idéző homlokzatokkal rendelkező épület oromzatát Róna József szimbólumokban gazdag szoborcsoportja díszíti. A lépcsőház festett ablakai Forgó István budapesti üvegfestő műhelyéből származnak.